Varhaisimmat todisteet uskonnollisista ideoista ovat peräisin paleoliittisilta ajanjaksoilta satoja tuhansia vuosia sitten. Arkeologit viittaavat varhaisen Homo sapiensin ilmeisen tahallisiin hautailuihin jo 300 000 vuotta sitten todisteena uskonnollisista ajatuksista. Muita todisteita ovat symboliset esineet Afrikan keskikivikaudelta. Varhaisten paleoliittisten artifaktojen tulkinta sen suhteen, miten ne liittyvät uskonnollisiin ideon on kuitenkin kiistanalainen. Arkeologiset todisteet viimeaikaisista kausista ovat vähemmän kiistanalaisia. Tutkijat yleensä tulkitsevat useampia esineitä ylä-paleoliittiselta aikakau delta (50 000 – 13 000 eaa.)., jotka edustavat uskonnollisia ideoita. Esimerkkejä ylä-paleoliitista liittyvät edelleen uskonnollisiin uskomuksiin, kuten Leijona-mies, Venus-figuuri, luolamaalaukset Chauvetin luolassa ja laaja rituaalinen hautaaminen Sungirissa.
1800-luvulla tutkijat ehdottivat erilaisia uskonnon alkuperää koskevia teorioita, jotka haastavat kristinuskon kaltaisen uskonnon aikaisempia väitteitä. Varhaiset teoreetikot Edward Burnett Tylor (1832-1917) ja Herbert Spencer (1820-1903) ehdottivat eläväisyyttä, kun taas arkeologi John Lubbock (1834-1913) käytti termiä ”fetishismi”. Samaan aikaan uskonnollinen tutkija Max Müller totesi, että uskonto alkoi hedonismista ja folkloristi Wilhelm Mannhardt ehdotti, että uskonto syntyi ”naturalismista”, jolla hän tarkoitti mytologista selitystä luonnol
lisille tapahtumille. Kaikkia näitä teorioita on sitemmin kritisoitu laajasti; uskonnon alkuperä ei ole laaja yhteisymmärrys.
Varhaisten löytöjen jäljiltä täydellisistä uskonnollisista teksteistä löytyy Kuolleen Meren kääröt, jotka tukevat myöhempien raamatullisten pyhien kirjoitusten tekstuaalista tarkkuutta sekä Vanhan testamentin kopioita, jotka on kirjoitettu noin 2000 vuotta sitten. Täydelliset vanhan testamentin heprealaiset tekstit, jotka on käännetty kreikan kielestä, olivat käytössä kun Uuden testamentin kirjoitukset kirjoitettiin. Erinäiset apostolit alunperin kokosivat suurimman osan Uuden testamentin teksteistä kreikan kielelle, ja hyvin harvoja Uuden testamentin kirjoituksia alunperin kirjoitettiin aramean kielellä.Muinaisen Egyptin pyramiditekstit ovat yksi maailman vanhimmista tunnetuista uskonnollisista teksteistä, jotka ovat peräisin 2400-2300 eaa. Kirjoituksella oli tärkeä rooli järjestäytyneen uskonnon ylläpitämisessa standardisoimalla uskonnollisia ideoita ajasta ja paikasta riippumatta.
Historoitsijat ovat kutsuneet aikajaksoa 900-200 eaa. ”aksiaaliseksi ajaksi” saksankielisen filosofin Karl Jaspersin (1883-1969) mukaan.
Jaspersin mukaan historian aikakaudella ”ihmiskunnan hengelliset perustukset asetettiin samanaikaisesti ja itsenäisesti, ja nämä ovat perustuksia, joissa ihmiskunta säilyy yhä nykyäänkin”. Henkinen historoitsija Peter Watson on taas tiivistänyt tämän ajan useimpien ihmikunnan vaikutusvaltaisimpien perinteisiin, kuten Persian ja Kanaanin monoteismiin, Kreikan Platonismiin, buddhalaisuuteen, Intian jainismiin sekä kiinalaiseen taolaisuuteen. Nämä ajatukset muuttuivat Jaspersin mukaan ajanmukaisiksi instituutioiksi – huomiona esimerkiksi Ashokan rooli buddhalaisuuden leviämisessä tai Platonisen filosofian rooli kristinuskossa sen perustana.
Eurooppalainen kolonisaatio 1500-1800-luvuilla johti kristinuskon leviämiseen Saharan eteläpuolisessa Afrikassa sekä Amerikassa, Australiassa ja Filippiineillä. Kirjoituspainon keksimisellä 1500-luvulla oli merkittävä rooli protestanttisen reformaation nopeassa leviämisessä johtajien, kuten Martin Lutherin (1483-1546) ja John Calvinin (1509-1564), keskuudessa. Uskonnolliset sodat puhkesivat 30-vuotiseksi taisteluksi, joka rikkoi Keski-Eurooppaa vuosina 1618-1648. 1700-luku alkoi sekularisaation merkeissä Euroopassa, ja se sai vauhtia Ranskan vallankumouksen jälkeen vuonna 1789 ja sen jälkeen. 1900-luvun lopulla uskonto oli vähentynyt suurimmassa osassa Eurooppaa.
1900-luvulla kommunistisen Itä-Euroopan ja kommunistisen Kiinan hallitukset olivat uskontovastaisia. Suuri joukko uusia uskonnollisia liikkeitä syntyi 1900-luvulla, ja monet ehdottivat synkretismin elementtejä vakiintuneisiin uskontoihin. Tälläisten uusien liikkeiden noudattaminen on kuitenkin rajallista, ja se jäi alle kahteen prosenttiin vuosina 2000-2009. Klassisen maailman uskonnonharjoittajat edustavat yli 75 prosenttia maailman väestöstä, kun taas alkuperäiskansojen uskontokuntien noudattaminen on laskenut 4 prosenttiin. Vuodesta 2005 lähtien arviolta 14 prosenttia maailman väestöstä tunnetaan uskottomana.
